منوچهر مشیری در محلهی قدیمی کلپا در همدان بهدنیا آمد. پدرش کارمند پست و تلگراف بود و در کودکی او به تهران منتقل شد. در دوران دبیرستان به فیلمفارسی و فردین علاقمند بود اما برادر بزرگترش خسرو که دانشجوی حقوق بود او را با مجله فردوسی آشنا کرد و مشیری با نوشتههای پرویز دوایی، شمیم بهار، کیومرث وجدانی و جمشید ارجمند به نوع دیگری از سینما علاقمند شد. همچنین آشنایی با فریدون رهنما در مدرسه عالی تلویزیون و سینما دید او را نسبت به سینما تغییر داد.
پس از مدرسه عالی به عنوان فیلمبردار به استخدام تلویزیون درآمد. نخستین تجربهی کارگردانیاش فیلمی بود از مواجههی روستاییان کویری کرمان با ریختو پاشهای استاندار وقت که مورد اعتراض مقامات و مسوولان دولتی در سال ۱۳۵۲ قرار گرفت.
مشیری در سال ۱۳۵۷ همراه با محمود بهادری و اصغر شهدوست دوربینهای ۱۶ میلیمتری خود را از تلویزیون خارج و با تهیه نگاتیوهایی که به صورت آزاد تهیه کردند به ثبت وقایع انقلاب ایران پرداختند. مستند تاریخی «طپش تاریخ» به کارگردانی اصغر شهدوست با تدوین داود کنعانی نتیجهی این همکاری است.
در سال ۱۳۶۰ مستند با خاک تا خاک موفق به دریافت دیپلم افتخار از جشنواره فیلم مستندکشورهای غیرمتعهد پراگ شد.
مشیری در سالهای ۱۳۵۸ تا ۱۳۶۱ که به دلیل برداشتهشدن ممیزیهای شدید و استقبال از طرحهای مستند به دوران طلایی مستند اجتماعی تلویزیون معروف است؛ هفت مستند اجتماعی ساخت. اما در سال ۱۳۶۱ نام او در فهرست کارمندانی قرار گرفت که حکم انتقالی گرفتند. این حکم به تبعید برنامهسازان تلویزیون معروف شد و طی آن منوچهر مشیری فیلمبردار به یک مرکز رادیویی در شهرکرد انتقال داده شد.
در این دوره برروی زندگی عشایر بختیاری پژوهش کرد و از کوچ عشایر از دامنههای زردکوه به لالی در مسجدسلیمان فیلم گرفت و وقتی برای کامل کردن فیلمش در منطقه گرمسیر عشایر بود متوجه شد که به دلیل کمکاری از تلویزیون اخراج شده است. او توانست پس از سه سال دوندگی و ارائه مدارک بسیار با رای دیوان عدالت اداری به تلویزیون بازگردد.