مرتضی پایهشناس شاگرد دبیرستان تیزهوشان علامه حلی بود که هنرستان سینمایی روایت فتح در سال ۱۳۷۶ تاسیس شد. بنابراین، او به خواست خودش ـ با وجود موانعی که در این راه داشت مدرسهی تیزهوشان را برای تحصیل در هنرستان سینمایی ترک کرد. یکسال بعد، نخستین فیلم داستانی کوتاهاش «قاصدک» را در همان مدرسه ساخت. قاصدک برندهی جایزهی بهترین کارگردانی، فیلمبرداری و بهترین فیلم در اولین دوره مسابقات دانشآموزی «پرسش مهر» شد. اما، خیلی زود دنیای پیچیده و بکر فیلمهای مستند او را به خود جذب کرد. همزمان، در دانشگاه هنر عکاسی خواند و به عنوان دانشجوی ممتاز به مقطع کارشناسی ارشد راهیافت.
از دیگر فعالیتهای او میتوان به ساخت تیزر و مستندهای صنعتی، تبلیغاتی و عکاسی اشاره کرد.
مرتضی پایهشناس از سال ۱۳۸۷ به انجمن مستندسازان سینمای ایران پیوست و در دورهی سیزدهم، به عنوان یکی از اعضای هیات مدیره انتخاب شد.